Diogeniano, prefecto de Sevilla, las hizo prisioneras, las interrogó y las amenazó con crueles tormentos si persistían en la religión cristiana, a la vez que les ofrecía grandes recompensas y beneficios, si idolatraban a los ídolos. Las santas se opusieron con gran valor a las inicuas propuestas del prefecto, afirmando que ellas sólo adoraban a Jesucristo. El prefecto mandó que las torturasen con garfios de hierro y en el potro, creyendo que cederían ante los tormentos, pero ellas soportaban todo con alegría y sus ánimos se fortalecían a la vez que crecían las torturas. Mandó entonces a encerrarlas en una lóbrega cárcel y que allí las atormentasen lentamente con hambre y con sed. Pero la divina Providencia les socorría y sustentaba con gozos inefables, según las necesidades del momento, provocando el desconcierto de los carceleros. Luego, el prefecto quiso agotarlas obligándoles a seguirle descalzas en un viaje que él iba a hacer a Sierra Morena; sin embargo, aquel camino pedregoso era para ellas como de rosas. Volvieron a meterlas en la cárcel hasta que murieran. Santa Justa, sumamente debilitada, entregó serenamente su espíritu, recibiendo las dos coronas, de virgen y de mártir. El prefecto mandó lanzar el cuerpo de la virgen en un pozo, pero el obispo Sabino logró rescatarlo.
El Prefecto creyó que, estando sola, sería más fácil doblegar a Rufina. Pero al no conseguir nada, mandó llevarla al anfiteatro y echarle un león furioso para que la despedazase. El león se acercó a Rufina y se contentó con blandir la cola y lamerle los vestidos como un corderillo. Enfurecido el Prefecto, mandó degollarla. Asi Rufina entregó su alma a Dios. Era el año 287. Se quemó el cadáver para sustraerlo a la veneración, pero el obispo Sabino recogió las cenizas y las sepultó junto a los restos de su hermana. Su culto se extendió pronto por toda la iglesia. Famoso y antiquísimo es el templo de Santa Justa en Toledo, el primero de los mozárabes.